Lineare Peptidsequenzen werden üblicherweise vom N- zum C-Terminus gelesen. Übersetzen Sie die Ein- oder Dreibuchstabencodes und prüfen Sie Endgruppen, Stereochemie, Modifikationen und Quervernetzungen. Eine reine Buchstabenfolge kann diese Strukturdetails offenlassen.
Restcodes in der angegebenen Reihenfolge lesen
Gly–Ala–Ser und GAS stehen beide für die Reihenfolge Glycin, Alanin, Serin. Bei einem gewöhnlichen linearen Peptid steht der N-Terminus links und der C-Terminus rechts. Die erste Position dieser kurzen Kette ist Gly. Bei einem Fragment eines längeren Vorläufers muss geklärt werden, ob die Positionsnummern das Fragment oder den Vorläufer bezeichnen.
Bei mehrdeutigen Symbolen gilt die Konvention der Quelle. IUPAC und IUBMB verwenden B, wenn Asparaginsäure und Asparagin noch nicht unterschieden wurden, und X für einen unbekannten oder atypischen Rest. Ein solches Symbol bewahrt die Unsicherheit der Quelle. Übernehmen Sie es unverändert, bis eine Legende, eine zitierte Sequenz oder der Methodenteil die Zuordnung klärt.
Die Gruppen an beiden Enden berücksichtigen
Vergleichen Sie diese fiktiven Beschreibungen: H–Gly–Ala–Ser–OH bezeichnet das Tripeptid mit freien Amino- und Carboxyl-Endgruppen. Ac–Gly–Ala–Ser–NH₂ bezeichnet eine N-acetylierte, C-amidierte Variante. Ac steht hier für eine Acetylgruppe, –NH₂ rechts für ein Carboxamid. Beide Varianten enthalten Gly, Ala und Ser in derselben Reihenfolge, beschreiben aber unterschiedliche kovalente Strukturen.
Steht in einer Quelle nur GAS, prüfen Sie deren Konvention und Kontext, bevor Sie Endgruppen ergänzen. Eine Datenbanksequenz eines Vorläufers und eine Methodentabelle zu einem synthetischen Peptid können dieselbe Kurznotation verwenden. Bei synthetischen Konstrukten können die Endgruppen separat im Methoden- oder Materialdatensatz angegeben sein.
Stereochemie, Verknüpfungen und Positionen prüfen
Gly–D-Ala–Ser legt D-Alanin an Position 2 fest. In einer Einbuchstabensequenz steht D dagegen für Asparaginsäure. Prüfen Sie die Quellenlegende, bevor Sie Kleinbuchstaben, Klammern oder hochgestellte Zeichen deuten. Halten Sie bei einer Seitenkettenmodifikation die Position zusammen mit der Gruppe fest. Cys an den Positionen 2 und 8 bezeichnet zwei Reste; die zusätzliche Angabe Cys2–Cys8 bezeichnet das über eine Disulfidbrücke verknüpfte Paar. Ohne Bindungsplan bleibt die Verknüpfung mehrerer Cysteine unbestimmt.
Der PubChem-Eintrag für reduziertes Glutathion zeigt, weshalb die Verknüpfung wichtig ist: Seine Kurzbeschreibung enthält γ-verknüpftes Glu. Die Carboxylgruppe der Glutamat-Seitenkette ist mit Cys verknüpft. Eine reine Aufzählung der Reste kann dieses Detail verlieren. Verwenden Sie bei zyklischen oder mehrkettigen Peptiden eine vollständige Konnektivitätsnotation oder eine Strukturzeichnung mit den Bindungen.
Das Original vor der Übertragung bewahren
Ein Prüfprotokoll kann den Originaltext, Quelle und Version, die interpretierte Restreihenfolge, beide Endgruppen, Modifikationen mit Positionen, Stereochemie und Verknüpfungen enthalten. Für die fiktive Beschriftung Ac–Gly–D-Ala–Ser–NH₂ wären das N-terminale Acetylierung, D-Ala an Position 2 und ein C-terminales Amid. Die Restfolge GAS hilft bei der Orientierung; für Strukturvergleiche bleibt die vollständige Beschreibung maßgeblich.
Eine Beschriftung übertragen und die Restfolge zählen
| Datenfeld | Ac–Gly–Ala–Ser–NH₂ | Nur GAS |
|---|---|---|
| Restfolge, N nach C | Gly → Ala → Ser (GAS) | Gly → Ala → Ser (GAS) |
| N-terminale Gruppe | Acetyl | In diesem Datensatz nicht angegeben |
| C-terminale Gruppe | Carboxamid | In diesem Datensatz nicht angegeben |
| Explizite Stereochemie | Keine separate Angabe. Gly ist achiral. | Keine separate Angabe. Quellenkonvention für Ala und Ser prüfen. |
| Weitere Verknüpfung oder Materialform | Nicht angegeben | Nicht angegeben |
In ProForma 2.1 kodiert [U:Acetyl]-GAS-[U:Amidated] diese Endgruppen mit Unimod-Begriffen. Die linke Annotation bezieht sich auf den N-, die rechte auf den C-Terminus. HUPO-PSI Validator.
Quellen und Geltungsbereich
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